在防治辣椒菌核病时，可以采用的药物有很多，比如菌核净、异菌脲、戊菌隆、腐霉利、氟吡菌胺、噻菌灵、福美双等，均可以起到不错的防治效果。
在低温与高湿环境下易发病，在温度5～20℃左右和相对湿度在85％以上的环境条件下，病害较为严重。
辣椒菌核病的防治措施：
1、用10%盐水漂洗种子2-3次，可除掉混杂在种子中的菌核。
2、及时摘除病叶、病果、病枝。
3、降低湿度，注意科学通风。
4、用立佳欣1/3包+扑异佳1组兑水15kg喷施。
5、每亩使用10％腐霉利烟剂200g熏棚。
6、喷雾防治：防治菌核病的最佳时间为开花初期到结果期。用70%甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍液，施药液150升/亩左右，5-7天施药1次，连续施药3-4次。叶面喷雾0.1%磷酸二氢钾，喷液15-30升/亩，在开花前期或开花初期施用。
